1949年(昭和24年)
5月26日 船内売店営業開始
6月1日 日本国有鉄道法施行、公共企業体日本国有鉄道に移管
9月15日 郵便車航送、船内仕訳作業開始
1950年(昭和25年)
2月3日 船内食堂営業開始
4月22日「第十二青函丸」濃霧の為、穴澗岬に擱坐
9月 「渡島丸(初代)」に日本の商船初のレーダー(スペリー社 MK2型)、ストーカー(自動給炭装置)装備
1951年(昭和26年)
5月9日より約5年間、朝鮮戦争の影響による津軽海峡への浮流機雷流入に伴い夜間運航中止。
接続列車の不接続など運航ダイヤの混乱が続く。連合軍専用列車の寝台車航送も休止された。
1952年(昭和27年)
4月1日 連合軍専用列車1201・1202列車が特殊列車に改称、日本人の乗車も許可された。