東京滞在中は上野博物館訪問や、皇族・大臣、各国公使らを招き懇談などを行いました。
6月13日、特派使節オスマン・パシャ海軍少将他使節団員は皇居に参内、明治天皇にスルタンからの皇帝親書と大勲位勲章を奉呈、自らも菊花大勲章を授与されます。
当日の晩餐会には日本側から小松宮彰仁親王、貞愛親王、大山巌陸相、青木周藏外務大臣、樺山資紀海軍大臣、徳大寺侍従長他主要閣僚や宮内関係者が出席、オスマン帝国側もオスマン・パシャ、艦長アリー・ベイ、海軍大佐ジェミール・ベイらが列席しました。
来日から1か月後の7月中旬、使節団は想定外の事態に見舞われます。
6月下旬に長崎県に発生したコレラ禍が日本中に拡大、横浜停泊中のエルトゥールル号にも コレラ感染者が発生したのです。
7月18日、アブドゥッラー(Abdullah)水兵が横浜市内を日中に散策、16時頃に帰艦後容態急変、23時に死亡しました。
更に20日15時、士官が2名のコレラ患者の発生を急報、検疫官の出張を要請しました。
検分の結果、コレラ感染の疑いのある患者は5名、艦内でのコレラ蔓延が確実に発生していました。
21日にエルトゥールル号は長浦消毒所へ回航。到着すると、昨日のうちに1名が死亡、この死者とは別に既に10名のコレラ患者が確認されました。
詳細は省略しますが、長浦消毒所での対応措置として、第1回消毒法(7月21日~22日)、第2回消毒法(7月29日)、第3回消毒法(8月11日~19日)の3回に渡り日本で過去に例を見ない大規模消毒法が実施されました。
長浦での隔離・消毒には莫大な費用…神奈川県庁の報告書では7月21日~8月20日の1か月間に要した費用は2500円(令和元年時点の米価での換算で1200万円相当)に達しました。
この費用は天皇への勲章奉呈の為に来航した故、国賓の礼を以て取扱うべきとし、日本政府が負担することになりました。
8月20日エルトゥールル号に航海交通許可が与えられましたが、そのまま長浦に停泊を続けます。
それは大規模消毒法の実施により艦内を換気する必要があったのと、患者・不健康者の 全治を待つ為でした。
患者は8月25日迄に完治、下痢を起していた者も9月10日には退院、 隔離された不健康者の残る38名も9月14日に退院しました。
使節団の日本滞在はコレラ事件の為2か月以上と長引き、長期滞在は費用負担を増しました。
オスマン帝国海軍省からは
「10月まで極東海域で待機、順風を利用して石炭を節約、且つ一刻も早く帰国すること。
帰還費用は5000リラ(現代の価値不明)とし、追加は絶対に認めない」
という命令が出ていたので、急いで帰国しなければならなくなります。
日本側は台風の季節であること、エルトゥールル号の状態から出港を見合わせ、船体修理をするよう勧告したものの、使節団は滞在延長がイスラム圏の"盟主"オスマン帝国の弱体化と受け取られかねないと懸念し、9月15日午前11時50分長浦消毒所から抜錨、そのまま次の寄港地神戸港を目指しました。